เลขานุการรัฐมนตรีว่าการกระทรวงศึกษาธิการ มีฐานะเป็นผู้บังคับบัญชาสำนักงานรัฐมนตรี ตามมาตรา 19 แห่งพระราชบัญญัติระเบียบบริหารราชการกระทรวงศึกษาธิการ พ.ศ.2546

	ทันตแพทย์หญิง ศรีญาดา ปาลิมาพันธ์ อดีตเลขานุการรัฐมนตรีว่าการกระทรวงศึกษาธิการ (ดำรงตำแหน่ง 24 มกราคม 2555 ถึง 27 ตุลาคม 2555)

ทำเนียบ "เลขานุการรัฐมนตรีว่าการกระทรวงศึกษาธิการ"

ลำดับ	เลขานุการรัฐมนตรี	ระยะเวลาดำรงตำแหน่ง
1	พลอากาศเอกเสริมยุทธ บุญศิริยะ (นายปองพล อดิเรกสาร เป็น รมว.ศธ.)	พ.ศ.2545 - พ.ศ.2546
2	นายแพทย์ทศพร เสรีรักษ์ (นายอดิศัย โพธารามิก เป็น รมว.ศธ.)	พ.ศ.2546 - พ.ศ.2547
3	นายสุนัย จุลพงศธร (นายอดิศัย โพธารามิก เป็น รมว.ศธ.)	พ.ศ.2547 - พ.ศ.2548
4	นายอุดม ไกรวัตนุสสรณ์ (นายจาตุรนต์ ฉายแสง เป็น รมว.ศธ.)	พ.ศ.2548 - พ.ศ.2549
5	นายสมเชาว์ เกษประทุม (ศ.ดร.วิจิตร ศรีสอ้าน เป็น รมว.ศธ.)	พ.ศ.2549 - พ.ศ.2551
6	นางสาวลีลาวดี วัชโรบล (นายสมชาย วงศ์สวัสดิ์ เป็น รมว.ศธ.)	พ.ศ.2551
7	นางสาวลีลาวดี วัชโรบล (นายศรีเมือง เจริญศิริ เป็น รมว.ศธ.)	พ.ศ.2551
8	นายสุธรรม นทีทอง (นายจุรินทร์ ลักษณวิศิษฏ์ เป็น รมว.ศธ.)	พ.ศ.2552
9	นายบุณย์ธีร์ พานิชประไพ (นายจุรินทร์ ลักษณวิศิษฏ์ เป็น รมว.ศธ.)	พ.ศ.2552
10	นายวีระชัย ถาวรทนต์ (นายชินวรณ์ บุณยเกียรติ เป็น รมว.ศธ.)	พ.ศ.2553
11	นายศักดา บูรณ์พงศ์ (นายวรวัจน์ เอื้ออภิญญกุล เป็น รมว.ศธ.)	พ.ศ.2554
12	ทันตแพทย์หญิง ศรีญาดา ปาลิมาพันธ์ (ศ.ดร.สุชาติ ธาดาธำรงเวช เป็น รมว.ศธ.)	พ.ศ.2555
13		พ.ศ.2555-ปัจจุบัน