จัดตั้งขึ้นเมื่อวันที่ 1 พฤษภาคม 2476 เดิมเรียกว่า “กรมเลขานุการรัฐมนตรี”

ปี พ.ศ. 2476 ได้เปลี่ยนชื่อเป็น "สำนักงานเลขานุการรัฐมนตรี" ให้มีฐานะเป็นหน่วยงานหนึ่งของ กระทรวงธรรมการ แบ่งส่วนราชการออกเป็น 2 แผนก คือ
1. แผนกการเมือง
2. แผนกตรวจสอบเรื่องราวและความเห็น
ตาม พระราชกฤษฎีกาจัดวางระเบียบราชการสำนักงาน และกรมในกระทรวงธรรมการ พุทธศักราช 2476

ปี พ.ศ. 2484  มีการเปลี่ยนชื่อ กระทรวงธรรมการ เป็น กระทรวงศึกษาธิการ

ปี พ.ศ. 2533 ได้ขยายภารกิจเพิ่มขึ้น แบ่งส่วนราชการออกเป็น 2 ฝ่าย 6 งาน ได้แก่
1. ฝ่ายบริหารงานทั่วไป แบ่งออกเป็น 3 งาน
    1.1 งานสารบรรณ
    1.2 งานตรวจสอบ
    1.3 งานวิเทศสัมพันธ์และสื่อสารมวลชน
 2. ฝ่ายการเมืองและประสานนโยบาย แบ่งออกเป็น 3 งาน
     2.1 งานการเมือง
     2.2 งานประสานนโยบายและข้อมูล
     2.3 งานเรื่องราวร้องทุกข์

ปี พ.ศ. 2540  มีโครงสร้างการแบ่งงานออกเป็น 2 ฝ่าย 3 กลุ่มงาน

ปี พ.ศ. 2546 เปลี่ยนชื่อจาก สำนักงานเลขานุการรัฐมนตรี เป็น "สำนักงานรัฐมนตรี" ตามพระราชบัญญัติระเบียบบริหารราชการแผ่นดิน (ฉบับที่ 5) พ.ศ. 2545 มาตรา 40 และ 41 รวมทั้ง
พระราชบัญญัติระเบียบบริหารราชการกระทรวงศึกษาธิการ พ.ศ. 2546 มาตรา 10 ได้กำหนดให้ สำนักงานรัฐมนตรี เป็นส่วนราชการขึ้นตรงต่อ รัฐมนตรีว่าการกระทรวงศึกษาธิการ และจากแนวทางการบริหารราชการยุคใหม่ของรัฐมนตรี ตามพระราชบัญญัติปรับปรุง กระทรวง ทบวง กรม พ.ศ. 2545  ได้กำหนดบทบาทหน้าที่ของ สำนักงานรัฐมนตรี ให้มีฐานะเป็นทีมงานฝ่ายการเมือง มีเป้าหมาย เพื่อสนับสนุนการปฏิบัติงานของรัฐมนตรี และของกระทรวงในเชิงยุทธศาสตร์ การวิเคราะห์สถานการณ์ การเชื่อมโยงนโยบายของกระทรวง  กับภาพรวมนโยบายของรัฐบาลระดับมหภาค การประสานนโยบายกับกระทรวงต่าง ๆ ตลอดจนการประสานงานกับฝ่ายข้าราชการประจำ เพื่อสนับสนุนรัฐมนตรีในการจัดทำนโยบาย เป้าหมาย และผลสัมฤทธิ์ของกระทรวงที่รัฐมนตรีต้องทำข้อตกลงการทำงานกับคณะกรรมการนโยบายของรัฐบาล รวมทั้งการจัดทำรายงานต่อรัฐบาล รัฐสภา และสาธารณชน และเป็นแกนประสานเชื่อมโยงการดำเนินนโยบายรัฐบาลระหว่างกระทรวง

ปี พ.ศ.2546  มีโครงสร้างการแบ่งงานออกเป็น 1 งาน 2 กลุ่มงาน
1. งานบริหารทั่วไป
2. กลุ่มงานประสานการเมือง
3. กลุ่มงานสนับสนุนวิชาการ

ปี พ.ศ.2554-ปัจจุบัน  สำนักงานรัฐมนตรี ได้มีการแบ่งงานภายในออกเป็น ดังนี้
1. งานบริหารทั่วไป
     1.1 กลุ่มบริหารทั่วไป
     1.2 กลุ่มช่วยอำนวยการ
2. กลุ่มงานประสานการเมือง
     2.1 กลุ่มการเมือง
     2.2 กลุ่มประชาสัมพันธ์
     2.3 กลุ่มรับเรื่องราวร้องทุกข์
3.  กลุ่มงานสนับสนุนวิชาการ